Sí, se entiende el planteo. Para guardar una imagen JPG no conviene tratar la trama como texto, porque cualquier conversión a string “normal”, fin de línea, encoding o formato puede modificar bytes y el archivo queda inválido.
En LabVIEW deberías abrir el archivo con Open/Create/Replace File en modo binario, y escribir directamente los bytes filtrados con Write to Binary File. Asegúrate de que lo que llega al write sea un array de U8 o un string tratado como datos binarios, sin pasar por funciones de texto. También revisa que estés eliminando solo tu encabezado EB91 y no bytes propios del JPG; normalmente un JPG empieza con FF D8 y termina con FF D9. Si después de filtrar el primer byte útil no es FF D8, ahí probablemente está el problema.
